Alternatif lain untuk menggantikan penggunaan pewarna sintetis adalah dengan menggunakan pewarna alami seperti ekstrak daun pandan atau daun suji, kunyit, dan ekstrak buah-buahan yang pada umumnya lebih aman.   Akan tetapi penggunaan bahan pewarna alami juga ada batasannya sesuai dengan peraturan yang telah ditetapkan.  Beberapa pewarna alami   yang diizinkan digunakan dalam pangan menurut Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 722/Menkes/Per/IX/88 diantaranya adalah :

§  Karamel, yaitu pewarna alami berwarna coklat yang dapat digunakan untuk mewarnai jem/jeli (200 mg/kg), acar ketimun dalam botol (300 mg/kg), dan yoghurt beraroma (150 mg/kg)

§  Beta-karoten, yaitu pewarna alami berwarna merah-oranye yang dapat digunakan untuk mewarnai acar ketimun dalam botol (300 mg/kg), es krim (100 mg/kg), keju (600 mg/kg), lemak dan minyak makan (secukupnya)

§  Klorofil, yaitu pewarna alami berwarna hijau yang dapat digunakan untuk mewarnai jem/jeli (200 mg/kg) atau keju (secukupnya)

§  Kurkumin, yaitu pewarna alami berwarna kuning-oranye yang dapat digunakan untuk mewarnai es krim dan sejenisnya (50 mg/kg), atau lemak dan minyak ikan (secukupnya)