RSUD Nyi Ageng Serang merupakan organisasi perangkat daerah yang diresmikan pada tanggal 12 November 2014.  Sesuai dengan Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 12 Tahun 2015 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja RSUD Nyi Ageng Serang, RSUD merupakan Perangkat Daerah penyelenggara pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna. Dalam melaksanakan fungsi tersebut RSUD Nyi Ageng Serang mempunyai tugas :

1. Melaksanakan pelayanan medis dan keperawatan
2. Melaksanakan pelayanan penunjang medis
3. Melaksanakan pelayanan ketatausahaan dan
4. Melaksanakan kewajiban rumah sakit sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.